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### TALLER SOBRE FUNDAMENTOS DE R                                            ###
### PRESENTACIÓN 4: ABRIR Y GUARDAR ARCHIVOS DE DATOS                        ### 
###                                                                          ###
### Center for Conservation and Sustainable Development                      ###
### Missouri Botanical Garden                                                ###
### Sitio en la red: rbasicsworkshop.weebly.com                              ### 
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### A. DIRECTORIO DE TRABAJO ###################################################

# El directorio de trabajo es la carpeta en la cual R escribe y lee 
# archivos de manera pre-determinada.

# Para averiguar cuál es el directorio de trabajo activo en una sesión:
getwd()

# Para cambiar el directorio de trabajo:
# setwd(dir="dirección de la carpeta"), por ejemplo:

setwd("C:/_transfer/RBasicsWorkshop/RBasicsWorkshop_Abril2018_UN/Datasets/ExcelFiles")
# Aquí­ es imporant fijarse que las barras oblicuas son hacia adelante */*, no hacia atrás *\*

getwd() # Asegurese que el cambio del directorio de trabajo se efectuó


## IMPORTANTE: El directorio de trabajo también puede cambiarse utilizando 
# el menú en la parte superior de la ventana de R.
# En Windows: File - Change Dir
# En Mac: Misc - Change Working Directory


# el sigueinte código genera un listado d los archivos y carpetas en el
#directorio de trabajo:
list.files()



### B. PRINCIPALES FUNCIONES PARA ABRIR Y GUARDAR ARCHIVOS #####################

# 1. read.table: abre marco de datos 
# 2. load: abre objetos de R
# 3. source: abre un 'script' de R

# 4. write.table: guarda un marco de datos
# 5. save: guarda objetos de R



### C. ABRIR UNA TABLA DE DATOS ################################################

help(read.table)

## PRINCIPALES ARGUMENTOS:
# 1. file: El nombre del archivo a abrir - y su dirección si el archivo no está
#    en el directorio de trabajo.
# 2. header: TRUE o FALSE. TRUE si la primera fila del archivo representa 
#    los nombres de las columnas.
# 3. sep: El caracter que se usa para separar valores, más frecuentemente: "\t"
#    o ",". 



## PASO 1. GUARDAR EL ARCHIVO COMO UN ARCHIVO DE TEXTO #########################

#  1.1. Abrir el archivo en excel
#  1.2. Selecionar "guardar como". Escoger una de dos opciones: texto delimitado
#       por tabulaciones, o texto deliminato por comas (tipicamente ".cvs")
#  1.3. Cerrar el archivo en excel


## PASO 2. USAR LA FUNCION *read.table* ########################################

## OPCION 2.1: usando *file.choose()* para abrir una ventana y buscar el archivo

streb.data <- read.table(file=file.choose(), header=TRUE, sep="\t")
# ­Es importante asegurarse de que el argumento *sep* sea el correcto. Si el 
# archivo tiene datos separados por tabulaciones use *sep="\t"*; si son datos 
# separados por comas use *sep=","*.


# OPCION 2.2: definiendo el "directorio de trabajo" como la carpeta que contiene
#             el archivo

getwd() # Este código sirve para averiguar el directorio de trabajo actual

# El siguiente código crea un objeto con nombre *dir.to.open* que tiene la dirección del 
# directorio de trabajo.
dir.to.open <- "C:/_transfer/RBasicsWorkshop/RBasicsWorkshop_Abril2018_UN/Datasets/TextFiles"

# El siguiente código cambia el directorio de trabajo.
setwd(dir.to.open)

# Esto abre el archivo "streblidaeonbats.txt" que está en el directorio de trabajo.
streb.data <- read.table(file="streblidaeonbats.txt", header=TRUE, sep="\t")


# OPCION 2.3: escribiendo directamente en el agumento *file* la dirección y nombre del
#             archivo que se quiere abrir

streb.data <- 
  read.table(file="C:/_transfer/RBasicsWorkshop/RBasicsWorkshop_Abril2018_UN/Datasets/TextFiles/streblidaeonbats.txt", 
  header=TRUE, sep="\t")

# este código es equivalente:
dir.to.open <- "C:/Users/stello/Dropbox/Teaching/R_Basics_Workshop/RBasicsWorkshopMaterials/3_Datasets"
streb.data <- 
  read.table(file=paste(dir.to.open, "streblidaeonbats.txt", sep="/"), 
  header=TRUE, sep="\t")


## PASO 3. REVISAR QUE LOS DATOS SE HAN LEIDO CORRECTAMENTE ##################

## IMPORTANTE: *read.table* siempre pone los datos en un marco de datos
class(streb.data)

dim(streb.data)
names(streb.data)
head(streb.data)



### D. GUARDAR UNA TABLA DE DATOS ##############################################

help(write.table)

## PRINCIPALES ARGUMENTOS:
# 1. x: El objeto (marco de datos o matriz) a grabar en un archivo
# 2. file: El nombre del archivo a crear - y su dirección si uno quiere el 
#    archivo en una carpeta distinta al directorio de trabajo actual.
# 3. sep: El caracter que se usa para separar valores, frecuentemente: "\t"
#    o ",". 

abund.data <- data.frame(letters, rpois(length(letters), lambda=5))
colnames(abund.data) <- c("sp", "abundance")
rownames(abund.data) <- paste("ind", 1:nrow(abund.data))

abund.data # Este es el marco de datos creado en las líneas anteriores de código

## OPCIÓN 1: guardar directo en el directorio de trabajo
write.table(x=abund.data, file="abund_data.txt", sep=",")

## OPCIÓN 2: guardar en otro directorio distinto del directorio de trabajo
dir.to.write <- "C:/_transfer/RBasicsWorkshop/RBasicsWorkshop_Abril2018_UN/Datasets/TextFiles"

write.table(x=abund.data, 
  file=paste(dir.to.write, "abund_data.txt", sep="/"), 
  sep=",")