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### TALLER FUNDAMENTOS DE R                                                  ###
### EJERCICIO 6.3: Indexación y manipulación de una filogenia                ###
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### Center for Conservation and Sustainable Development                      ###
### Missouri Botanical Garden                                                ###
### Website: rbasicsworkshop.weebly.com                                      ###
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### INTRODUCCIÓN ############################################## #################
# En este ejercicio usted explorará la estructura de objetos de clase "phylo",
# utilizados para representar filogenias en R, manipulará estos objetos y producirá
# graficas de filogenias.

## TAREA 1 ##
# Instale el paquete "ape" si no lo ha hecho previamente
install.packages("ape")
# Abra el paquete "ape" 
library(ape)

## TAREA 2 ##
# Lea el archivo "tree_central_ages.new" (disponible en la página del taller); este archivo contiene
# una filogenia con fechas (cronograma) de todas las familias de plantas (en formato "Newick"). Asegurese
# de defir su directorio de trabajo para indicar dónde está el archivo "tree_central_ages.new":
setwd("C:/_transfer/RBasicsWorkshop/TallerFundamentosR_Abril2020_OxapampaVirtual/Datasets/OtherFiles") #el directorio en la compu de Ivan
phylo.fam.world <- read.tree("tree_central_ages.new")

## TAREA 3 ##
# grafique la filogenia
plot(phylo.fam.world, type="fan", cex=0.2)

## TAREA 4 ##
# Examine las propiedades del objeto "phylo.fam.world"
class(phylo.fam.world)
attributes(phylo.fam.world)
str(phylo.fam.world) #note que los objetos de clase "phylo" son listas

## TAREA 5 ##
# Lea la sección sobre objetos de clase "phylo" en la página 30 de Paradis (2012, Analysis
# of phylogenetics and evolution with R", disponible en la página del taller:
# http://rbasicsworkshop.weebly.com/books.html).
# Use el operator "$" para explorar los componentes de la clase phylo: "edge",
# "edge.length", "tip.label", "Nnode", "node.lable", "root.edge". Por ejemplo:
phylo.fam.world$edge
# note que puede usar indexación numérica en cada componente, por ejemplo:
phylo.fam.world$edge[1:7,]

## TAREA 6 ##
# Examine las clases de objeto obtenidas al indexar con corchetes (paréntesis) cuadrados 
# sencillos y dobles: 
class(phylo.fam.world[1])
class(phylo.fam.world[[1]])
class(phylo.fam.world[2])
class(phylo.fam.world[[2]])
class(phylo.fam.world[3])
class(phylo.fam.world[[3]])

## TAREA 7 ##
# Examine los nombres de las puntas de la filogenia
phylo.fam.world$tip.label
# estudie el siguiente código, se utiliza para editar los nombres en las puntas de la filogenia,
# cambiando la primera letra de minúscula a mayúscula; para entender el código, visite las páginas
# de ayuda para las funciones "paste", "toupper", y "substring":
phylo.fam.world$tip.label <- paste(toupper(substring(phylo.fam.world$tip.label, 1, 1)), substring(phylo.fam.world$tip.label, 2), sep="")
#examine el resultado
phylo.fam.world$tip.label

## TAREA 8 ##
# Estudie cuidadosamente el siguiente código. Visite la página de ayuda para la función "drop.tip".
# Use esta función para graficar una selección de las puntas de la filogenia, por ejemplo:
phylo.fam.world.1 <- drop.tip(phylo.fam.world, 25:476, subtree=TRUE)
plot(phylo.fam.world.1, type="p", cex=0.8, show.node.label=F)
axisPhylo(1)
phylo.fam.world.2 <- drop.tip(phylo.fam.world, c(1:24,51:476), subtree=TRUE)
plot(as.phylo(phylo.fam.world.2), type="p", cex=0.8,show.node.label=F)
axisPhylo(1)
phylo.fam.world.3 <- drop.tip(phylo.fam.world, c(1:50,70:476), subtree=TRUE)
plot(as.phylo(phylo.fam.world.3), type="p", cex=0.8,show.node.label=F)
axisPhylo(1)
# Escriba su propio código para otros gráficos similares